Sebenarnya Zoo Negara bukan milik kerajaan. Ianya diurus oleh Malaysian Zoological Society, sebuah NGO. Dana mengurus Zoo Negara sedikit je datang dari kerajaan, selebihnya dari sponsor dan derma orang ramai termasuk jualan tiket. Dulu masa nak mula buka zoo ni, memang cadangan awal datang dari kerajaan melalui Kementerian Sumber Asli. Tapi kerajaan masa tu tak mampu nak wujudkan zoo sendiri dengan kos yang tinggi tetapi sanggup tolong NGO yang terlibat dari beberapa aspek.
Cuma Zoo Taiping dan Zoo Melaka saja yang diuruskan oleh kerajaan sepenuhnya. Sebab itulah kadang-kadang nampak Zoo Negara macam tak terjaga. Mungkin sebab kurang dana. Rasanya cara terbaik adalah dengan mengurangkan jumlah haiwan dalam zoo dan menambah keselesaan haiwan dengan kandang dan ruang tinggal yang lebih luas dan dijaga. Atau lebih baik kerajaan ambil alih terus Zoo Negara dari NGO.
